Afşin Bey, Kurtçu’yu takibinden sonra Ahlât’a döndü ve bu sırada Alp Arslan, 1071’de Mısır seferine çıkmıştı. Tam bu sırada henüz, bir günlük yol alınmadan Bizans İmparator’u muazzam bir kuvvetle Arran ve Azerbaycan’a girmek üzere Anadolu’nun doğusuna, Kalikala’ya ilerlemekle olduğu haberi aldı. İmparator Romanos elçisi Alp Arslan’a gelerek “Malazgirt, Ahlat, Erciş ve Menbic kalelerinin Bizans’a geri verilmesini, aksi takdirde imparatorun kalabalık bir orduyla harekete geçeceğini” bildirdi. Bu teklifler karşısında Sultan, elçiyi sert bir cevapla gönderdi. Bu yüzden Mısır seferin yarım bıraktı ve Urfa, Diyarbakır ve Bitlis boğazı yoluyla Ahlat’a geldi. Burada Afşin Bey’le karşılaştı ve “Kurtçu (Erbasan) ve Bizans” hakkında bilgi verdi.
Selçuklu kuvvetleri ile Bizans ordusu 24 Ağustos 1071 günü Malazgirt ile Ahlat arasındaki Rahve ovasında karşı karşıya geldiler. Romanos Diogenes büyük bir ordu ile (200.000) Ahlat’a doğru hareket etti. İmparator birkaç öncü kuvveti Ahlat’a yollamıştı. Fakat meydana gelen bu savaşları Selçuklular kazandı. Selçuklu ordusunda Savtegin, Afşin, Gevher Ayin, Sanduk, Aytegin, Ahmedşâh gibi tecrübeli kumandanlar bulunmaktaydı. Bizans İmparatoru Malazgirt savaşında esir düşmüştü. Bu savaştan sonra Diogenes ile Alp Arslan arasında anlaşma yapılmıştı.
Burdaki Malazgirt savaşında Afşin hakkında fazla bilgi bulunmadı. Ayrıca bu savaşta adları geçen emirlerin, savaştaki yerleri ve oynadıkları rollerini tespit etmek mümkün olmadı. Bununla birlikle süratli bir hareket yeteneğine sahip olan ve dolaysıyla Anadolu’yu hallaç pamuğuna çeviren emir Afşin’in, kendisine karşı kurulan pusuları bertaraf etmiş ve Bizans ordusunun kuşatılması harekâtını başarıyla gerçekleştirmiştir.
Sonuçta Afşin Bey gazalarda şöhret kazanıp, Anadolu’nun Türk yurdu olması ve İslamlaşması için çok hizmet yaptı. Alp Arslan vefat ettikten sonra, Melikşah döneminde de Anadolu’ya Afşin Bey sürekli akınlar yaptı. Yani Afşin Bey Tarih sahnesinde bir büyük Türk komutanı olarak varlığını sürdürmüştür
Yusuf Tuna’nın “Selçuklu’nun kartalı Afşin Bey” adlı şiirinde, Afşin Bey şu şekilde tarif edilmiştir:
